STKPK Bina Insan merupakan Perguruan Tinggi Swasta yang berada di bawah naungan Yayasan Mitra Kasih yang dipimpin oleh seorang Ketua yang bertanggungjawab kepada Yayasan Mitra Kasih dan Keuskupan Agung Samarinda. Pengembangan STKPK Bina Insan secara fungsional berada di bawah Direktorat Jenderal Pendidikan Katolik, Departemen Agama Republik Indonesia. Organisasi dan Tata Kerja (OTK) STKPK Bina Insan diatur dalam Statuta STKPK Bina Insan Nomor 05/BP.YMK/IV.2016. Sedangkan terkait tugas pokok dan fungsi organisasi di atur dalam Keputusan Ketua STKPK Bina Insan Nomor: 152/STKPK.BI/KASRI/VI/2016 tentang Pedoman Tata Pamong STKPK Bina Insan. Organisasi dan Tata Kerja STKPK Bina Insan adalah sebagai berikut: