Gereja Katolik dalam sejarah kehadirannya di Indonesia telah terlibat dalam karya pembangunan untuk mewujudkan kehidupan berbangsa, bernegara dan bermasyarakat yang lebih adil dan beradab. Keikutsertaan Gereja dalam karya pembangunan di Kalimantan Timur diantaranya terwujud dalam bentuk karya pendidikan dasar dan menengah.

Rapat Kerja Keuskupan Tahun 2000 dan Tahun 2005 menyiratkan kerinduan umat Katolik akan berdirinya Institusi Pendidikan Tinggi yang dapat menghasilkan katekis atau guru agama Katolik. Kerinduan ini kemudian terungkap secara eksplisit dalam pertemuan Forum Konsultatif Tokoh Masyarakat Katolik Provinsi Gerejawi Samarinda, yang diselenggarakan Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Katolik Kementerian Agama RI bekerjasama dengan Keuskupan Agung Samarinda, pada tanggal 11-13 September 2009, di Hotel Grand Tiga Mustika, Balikpapan. Pertemuan Forum Konsultatif Tokoh Masyarakat Katolik tersebut menghasilkan komitmen pastoral yang salah satunya adalah mengupayakan pendirian Universitas Katolik atau Sekolah Tinggi Pastoral di wilayah Provinsi Gerejawi Keuskupan Agung Samarinda, Kalimantan Timur. 

Komitmen tersebut selanjutnya memunculkan wacana pendirian Sekolah Tinggi Kateketik Pastoral. Wacana pendirian Institusi Perguruan Tinggi dibicarakan secara khusus pada Rapat Kerja Keuskupan Agung Samarinda pada tanggal 20-27 Juni 2010. Salah satu keputusan penting dalam Rapat Kerja ini adalah Rekomendasi pendirian Sekolah Tinggi Kateketik Pastoral di Kota Samarinda. Selanjutnya, berdasarkan keputusan rapat Dewan Konsultores Keuskupan Agung Samarinda, Uskup Agung Samarinda, Mgr. Sului Florentinus, MSF (alm), membentuk dan menetapkan Tim Persiapan Pendirian Sekolah Tinggi Kateketik Pastoral Katolik Bina Insan dengan mandat mendirikan Yayasan Mitra Kasih dan menyusun Proposal Kajian Kelayakan Pendirian Institusi. Proposal Kajian Kelayakan Izin Operasional Sekolah Tinggi Pastoral Katolik Bina Insan Samarinda telah dikirim kepada Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Katolik Kementerian Agama RI, pada tanggal 04 September 2010 sebagai persyaratan untuk mendapatkan izin operasional.

Direktorat Jenderal Bimas Katolik Kementerian Agama Republik Indonesia menanggapi proposal tersebut dengan mengutus Tim Supervisi, yang melaksanakan tugas mereka pada tanggal 29-31 Desember 2010, di Samarinda. Hasil supervisi tersebut merekomendasikan perlunya perbaikan dokumen proposal sebelum diterbitkannya Izin Operasional Sekolah Tinggi Kateketik Pastoral Katolik Bina Insan. Setelah diadakan perbaikan, dokumen dikirim kembali ke Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Katolik Kementerian Agama RI. Akhirnya, Direktur Jenderal Bimas Katolik Kementerian Agama RI menerbitkan SK Izin Operasional Sekolah Tinggi Kateketik Pastoral Katolik Bina Insan Nomor DJ.IV/Hk.00.5/86/2011, tanggal 30 Juni 2011. Sekolah Tinggi Kateketik Pastoral Katolik Bina Insan diresmikan oleh Dirjen Bimas Katolik Kementerian Agama RI pada tanggal 30 Juli 2011 di Samarinda.

Sekolah Tinggi Kateketik Pastoral Katolik Bina Insan memiliki satu program studi yaitu Pendidikan dan Pengajaran Agama Katolik. Setelah melalui proses yang cukup panjang, pada tanggal 17 Desember 2019, Program Studi ini Terakreditasi B berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 4822/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2019. Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Katolik Kementerian Agama Republik Indonesia Nomor 634 Tahun 2021 tentang Perubahan Nama Program Studi dan Gelar Akademik pada Perguruan Tinggi Keagamaan Katolik, tanggal 01 Desember 2021, terdapat perubahan nama pada Program Studi Pendidikan dan Pengajaran Agama Katolik pada Program Sarjana STKPK Bina Insan menjadi Program Studi Pendidikan Keagamaan Katolik pada Program Sarjana STKPK Bina Insan dengan Peringkat Akreditasi Program Studi Pendidikan Keagamaan Katolik yang sama sesuai dengan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 9655/SK/BAN-PT/Ak-PNB/S/XI/2022.